Die Größe von prokaryotischen Zellen hat typischerweise einen Durchmesser von 0,2 bis 2,0 Mikrometer, während eukaryontische Zellen einen Durchmesser von 10 bis 100 Mikrometer haben.
Eukaryonten werden als "echte Kerne" bezeichnet, da sie membrangebundene Kerne enthalten und aus anderen Organellen bestehen, wie Lysosomen, Golgi-Komplex, endoplasmatischem Retikulum, Mitochondrien und Chloroplasten, während Prokaryonten keine mit Kernmembran oder anderen Membranen eingeschlossenen Organellen haben.
In Prokaryoten besteht Flagellum aus zwei Proteinbausteinen; Die Zellwand ist chemisch komplex und besteht aus Peptidoglycan (ein einzelnes großes Polymer aus Aminosäuren und Zucker). flag Während das Flagellum von Eukaryoten komplexer ist mit mehreren Mikrotubuli, und wenn Zellwände vorhanden sind, sind sie chemisch einfach.
In Prokaryoten erfolgt die Zellteilung durch binäre Spaltung und es findet keine Meiose statt, sondern nur der Transfer von DNA-Fragmenten erfolgt durch Konjugation. Zellteilung in Eukaryoten erfolgt durch Mitose und sexuelle Fortpflanzung durch Meiose.
Bei Eukaryoten besteht die Plasmamembran aus Sterinen und Kohlenhydraten. Das Zytoplasma besteht aus Zytoskeletten, und Zytoplasma-Streaming ist vorhanden. Ribosomen sind größer (80S) und kleiner (70S), und Chromosomen sind mehrfach und linear mit Histonen angeordnet. Die DNA von Eukaryoten ist viel komplexer als die DNA von Prokaryoten.
In Prokaryoten enthält die Plasmamembran keine Kohlenhydrate oder Sterine. Cytoplasma hat kein Cytosketeton oder Cytoplasmastroming. Ribosomen sind kleiner (70S) und mit einem einzigen kreisförmigen Chromosom vorhanden, das nicht aus Histonen besteht.