Unterschied zwischen Nick Translation und Primer Extension

Hauptunterschied - Nick Translation vs Primer Extension
 

Nick-Translation und Primer-Erweiterung sind zwei wichtige Techniken, die in der Molekularbiologie durchgeführt werden. Der Hauptunterschied zwischen der Nick-Übersetzung und der Primer-Erweiterung ist der Der Nick-Translationsprozess erzeugt markierte Sonden für andere Hybridisierungstechniken während Das Primerverlängerungsverfahren identifiziert eine spezifische RNA-Sequenz aus einer Mischung und zeigt Informationen zur Expression von mRNA an. Beide Techniken sind von großer Bedeutung und werden routinemäßig in molekularen Forschungslabors durchgeführt.

INHALT
1. Übersicht und Schlüsseldifferenz
2. Was ist Nick Translation?
3. Was ist Primer Extension?
4. Side-by-Side-Vergleich - Nick Translation vs. Primer Extension
5. Zusammenfassung

Was ist Nick Translation??

Die Nick-Translation ist eine wichtige Technik, die zur Herstellung markierter Sonden für verschiedene molekularbiologische Techniken wie Blotting verwendet wird, vor Ort Hybridisierung, fluoreszierend vor Ort Hybridisierung usw. Es ist eine in vitro Methode der DNA-Markierung. DNA-Sonden werden verwendet, um spezifische DNA- oder RNA-Sequenzen zu identifizieren. Mit Hilfe einer markierten Sonde können aus einer komplexen Nukleinsäuremischung bestimmte Fragmente markiert oder sichtbar gemacht werden. Daher werden markierte Sonden unter Verwendung verschiedener Techniken hergestellt, um für verschiedene Techniken verwendet zu werden. Die Nick-Translation ist eine solche Methode, bei der markierte Sonden mit Hilfe von DNase 1- und DNA-Polymerase-1-Enzymen hergestellt werden.

Der Nick-Translationsprozess beginnt mit der DNase-1-Enzymaktivität. DNase 1 führt durch die Spaltung von Phosphodiester-Bindungen zwischen Nukleotiden Brüche im Phosphat-Rückgrat doppelsträngiger DNA ein. Sobald der Nick erzeugt ist, wird eine freie 3'-OH-Gruppe des Nukleotids erhalten, und das DNA-Polymerase-1-Enzym wird darauf reagieren. Die 5'- bis 3'-Exonukleaseaktivität der DNA-Polymerase 1 entfernt Nukleotide aus der Kerbe in Richtung 3'-Richtung des DNA-Strangs. Gleichzeitig wirkt die Polymeraseaktivität des DNA-Polymerase-1-Enzyms und fügt Nukleotide hinzu, um die entfernten Nukleotide zu ersetzen. Wenn die Nukleotide markiert wurden, erfolgt der Austausch durch die markierten Nukleotide und es markiert die DNA zur Identifizierung. Diese neu synthetisierte markierte DNA kann als Sonde in verschiedenen Hybridisierungsreaktionen in der Molekularbiologie verwendet werden.

Abbildung 01: Nick-Übersetzungsprozess

Was ist Primer Extension??

Primer Extension ist eine Technik, mit der eine spezifische RNA-Sequenz aus einem RNA-Gemisch gefunden und das 5'-Ende des mRNA-Transkripts lokalisiert werden kann. Es wird auch verwendet, um die Struktur von RNA und die Expression zu untersuchen. Das Primerverlängerungsverfahren wird mit markierten Primern oder mit markierten Nukleotiden durchgeführt. Wenn markierte Primer verwendet werden, schließt dies die Notwendigkeit der Markierung der Nukleotide aus, die zur Synthese von cDNA verwendet werden. Diese Technik umfasst mehrere Schritte. Es beginnt mit der Extraktion von RNA aus der Probe. Dann wird der Mischung ein markierter Oligonukleotid-Primer zusammen mit den notwendigen Bestandteilen zugesetzt, um cDNA einer spezifischen RNA-Sequenz zu synthetisieren. Der Primer glüht mit der komplementären Sequenz aus der Mischung. Unter Verwendung der Primer-annealten Sequenz als Matrize synthetisiert das Enzym Reverse Transkriptase die komplementäre DNA (cDNA) der RNA-Sequenz. Primer-Annealing und reverse Transkription finden nur statt, wenn die spezifische RNA-Sequenz in der Probe vorhanden ist. Wenn eine denaturierende Gelelektrophorese durchgeführt wird, kann schließlich die Größe der RNA-Sequenz bestimmt werden. Es ist auch leicht, die + 1-Base der mRNA-Sequenz (Transkriptionsinitiationsstelle) durch das Primer-Extensionsverfahren zu finden. Die Menge der in der Probe vorhandenen mRNA kann durch dieses Verfahren quantifiziert werden, wenn ein Primerüberschuss verwendet wird.

Abbildung 02: Primer-Erweiterung

Was ist der Unterschied zwischen Nick Translation und Primer Extension??

Nick Translation vs Primer Erweiterung
Nick-Translation ist ein Prozess, bei dem markierte DNA-Sonden für verschiedene Hybridisierungsreaktionen erstellt werden.	Primer Extension ist eine Technik, mit der spezifische RNA gesucht oder die Genexpression untersucht werden kann.
Verwendete Enzyme
DNase 1 und DNA-Polymeraseenzyme werden verwendet.	Das Reverse Transcriptase-Enzym wird verwendet.
Bedeutung
Die Nick-Translation erleichtert die Markierung bestimmter DNA-Sequenzen.	Die Primerverlängerung ermöglicht den Nachweis der spezifischen mRNA-Sequenzgröße und der in der Probe vorhandenen Menge.

Zusammenfassung - Nick Translation vs Primer Extension

Die Nick-Translation ist eine Methode, mit der markierte Sonden basierend auf den Aktivitäten von DNase 1 und synthetisiert werden E coli DNA-Polymerase-1-Enzyme. Es ist ein in vitro Methode in den Laboratorien vor verschiedenen Hybridisierungstechniken eingesetzt. Während der Nick-Translation entfernt die 5'-3'-Exonuklease-Aktivität der DNA-Polymerase 1 die Nukleotide vor dem Nick und die Polymerase-Aktivität der DNA-Polymerase 1 ersetzt die entfernten Nukleotide durch markierte Nukleotide hinter dem Nick. Primer Extension ist eine Methode, mit der ein spezifisches RNA-Transkript aus einem Gemisch nachgewiesen und die Größe und Menge der interessierenden RNA quantifiziert werden kann. Dies ist der Unterschied zwischen Nick-Translation und Primer-Erweiterung.

Verweise
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4. Raymond et al. "Einfacher, quantitativer Primer-Extensions-PCR-Test zur direkten Überwachung von microRNAs und kurz interferierenden RNAs." RNA. Copyright 2005 by RNA Society, November 2005. Web. 19. April 2017

Bildhöflichkeit:
1. "Primer Extension Assay" Von Jjnmmnjj - Eigene Arbeit (CC BY-SA 3.0) über Commons Wikimedia