Unterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung
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Das Hauptunterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung ist das Koloniehybridisierung ist die Methode, die bei der Selektion von Bakterienkolonien mit den gewünschten Genen verwendet wird, während die Plaque-Hybridisierung die Selektionsmethode für Phagen mit gewünschten Genen ist. Weiterhin kann die Koloniehybridisierung beim Screening von Plasmid- oder Cosmid-basierten Bibliotheken verwendet werden, während die Plaque-Hybridisierung beim Screening von Phagenbibliotheken verwendet werden kann.
Kolonie- und Plaque-Hybridisierung sind zwei Techniken, die beim Screening von genomischen oder cDNA-Bibliotheken verwendet werden. Sie werden auch genannt Kolonielift und Plaque-Lift beziehungsweise.
Wichtige Bereiche
1. Was ist Kolonie-Hybridisierung?
- Definition, Art der Bibliotheken, Screening-Methoden
2. Was ist Plaque-Hybridisierung?
- Definition, Art der Bibliotheken, Screening-Methoden
3. Was sind die Gemeinsamkeiten zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung?
- Überblick über allgemeine Funktionen
4. Was ist der Unterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung?
- Vergleich der wichtigsten Unterschiede
Schlüsselbegriffe
Kolonie, Hybridisierung der Kolonien, Screening von Bibliotheken, Plaque, Plaque-Hybridisierung
Was ist Kolonie-Hybridisierung?
Die Koloniehybridisierung ist ein Screening-Verfahren, das bei der Auswahl von Bakterienkolonien mit einer gewünschten DNA-Sequenz verwendet wird. Es heißt auch Kolonie-Blot-Hybridisierung, Kolonielift oder Nachbildung. Es ermöglicht das Screening von mit hoher Dichte plattierten Kolonien. Das ursprüngliche Verfahren der Hybridisierung der Kolonien wurde zuerst von Grunstein und Hogness entwickelt. Erstens können die Bakterienkolonien auf eine Membran transformiert werden und die Bakterienkolonien werden lysiert, wodurch die Nukleinsäuren freigelegt werden. Dann werden die exponierten Nukleinsäuren durch Denaturierung auf der Membran fixiert und mit den radioaktiven Sonden hybridisiert.
Abbildung 1: Koloniehybridisierungsmethode
Eine Kolonie ist eine Ansammlung von Bakterien, die aus einer einzelnen Bakterienzelle durch asexuelle Fortpflanzung entstanden sind. Daher besitzen alle Bakterienzellen in einer bestimmten Kolonie die gleiche genetische Ausstattung sowie das transformierte genetische Material. Im Allgemeinen werden Bakterien mit Hilfe von Plasmid- oder Cosmidvektoren transformiert.
Was ist Plaque-Hybridisierung?
Plaque-Hybridisierung ist das Screeningverfahren für rekombinante Phagen. Es ist eine Modifikation der Koloniehybridisierung von Benton und Devis im Jahr 1977. Diese Methode wird auch genannt Plaque-Lift. Das Verfahren zur Plaque-Hybridisierung ist dem Kolonie-Hybridisierungsverfahren ähnlich und die Plaques werden durch Inkontaktbringen mit einer Nitrocellulosemembran angehoben. Die Nukleinsäuren werden dann exponiert und an der Membran fixiert, wobei sie mit den gewünschten Sonden hybridisieren.
Abbildung 2: Plaques auf einer Agarplatte
Ein Plaque ist eine klare Zone auf einer Agarplatte, die von einem bestimmten Bakteriophagen durch Lyse bakterieller Zellen in diesem Bereich erzeugt wird. Aufgrund der geringeren Menge an DNA, die auf die Nitrocellulosemembran übertragen wird, erzeugt die Plaque-Hybridisierung weniger Hintergrundsignale.
Ähnlichkeiten zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung
- Kolonie- und Plaque-Hybridisierung sind zwei Techniken, die beim Screening von genomischen oder cDNA-Bibliotheken verwendet werden.
- Das Hauptprinzip in beiden Techniken ist die Nukleinsäurehybridisierung.
- Bei beiden handelt es sich um Filterhybridisierungsmethoden, die das primäre Screening von Bibliotheken durch In-Situ-Replikation auf einer Nitrocellulosemembran ermöglichen.
- Sie ermöglichen ein Screening mit hoher Dichte.
- Als Sonde wird ein einzelsträngiges DNA-Molekül verwendet, das an seine komplementäre Sequenz hybridisieren kann, um die spezifischen Sequenzen zu identifizieren.
- Beide Hybridisierungstechniken sind schnell und können sehr viele Klone verarbeiten.
- Sie werden zur Identifizierung unvollständiger Gensequenzen verwendet, die nicht exprimiert werden können.
Unterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung
Definition
Koloniehybridisierung bezieht sich auf ein Verfahren zum Auswählen von Bakterienkolonien mit gewünschten Genen, während sich Plaque-Hybridisierung auf ein Screeningverfahren bezieht, das bei der Identifizierung rekombinanter Phagen verwendet wird.
Entwickelt von
Die Koloniehybridisierung wurde zuerst von Grunstein und Hogness entwickelt, während die Plaque-Hybridisierung 1977 von Benton und Devis entwickelt wurde.
Arten von Bibliotheken
Die Koloniehybridisierung umfasst die Identifizierung von Plasmid- oder Cosmid-basierten Bibliotheken, während die Plaque-Hybridisierung die Identifizierung von Phagenbibliotheken beinhaltet.
Anzahl der Lifte
Kolonien können einmalig angehoben werden, Plaques mehrmals.
Hintergrundsignale
Weitere Hintergrundsignale treten bei der Koloniehybridisierung auf, während die Hintergrundsignale bei der Plaque-Hybridisierung geringer sind.
Fazit
Die Koloniehybridisierung ist ein Screening-Verfahren auf Bakterienkolonien in den mit Plasmid- oder Cosmidvektoren erzeugten Bibliotheken. Auf der anderen Seite ist die Plaque-Hybridisierung ein Screening-Verfahren auf Bakteriophagen in den Phagenbibliotheken. Der Hauptunterschied zwischen Kolonie- und Plaque-Hybridisierung ist die Art der Bibliotheken, die in jeder Methode untersucht werden.
Referenz:
1. Kaksonen, Anna. „Molekulare Ansätze für die mikrobielle Community-Analyse“. Auslaugung - BioMineWiki, 20. April 2006, hier verfügbar
2. Dale, JW und PJ Greenaway. "Identifizierung rekombinanter Phagen durch Plaque-Hybridisierung". Methoden in der Molekularbiologie (Clifton, N.J.)., US National Library of Medicine, hier erhältlich
Bildhöflichkeit:
1. "Blot-Hybridisierung" Von Kaksonen - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Public Domain) über Commons Wikimedia
2. “M. smegmatis plaque ”Von Wazzzup7up - Eigene Arbeit (Public Domain) über Commons Wikimedia
