Unterschied zwischen RNA Seq und Microarray

Das Hauptunterschied Zwischen RNA Seq und Microarray liegt das RNA Seq (RNA Sequencing) ermöglicht die Analyse neuer RNA- und RNA-Varianten, während der Microarray die Analyse des Transkriptoms unter Verwendung bekannter RNA-Sonden ermöglicht. Darüber hinaus ist RNA Seq eine Sequenzierungsmethode, während Microarray auf Hybridisierung basiert.

RNA Seq und Microarray sind zwei Techniken zur Analyse von Transkriptom, Dies ist die gesamte mRNA, die von einem Organismus exprimiert wird. Sie ermöglichen die Bestimmung der Arten von RNA-Molekülen, die in einem definierten zellulären Stadium gebildet werden.

Wichtige Bereiche

1. Was ist RNA Seq
     - Definition, Prozess, Bedeutung
2. Was ist Microarray?
     - Definition, Prozess, Bedeutung
3. Was sind die Ähnlichkeiten zwischen RNA Seq und Microarray?
     - Überblick über allgemeine Funktionen
4. Was ist der Unterschied zwischen RNA Seq und Microarray?
     - Vergleich der wichtigsten Unterschiede

Schlüsselbegriffe

Genexpressionsanalyse, Hybridisierung, Microarray, RNA Seq, Sequenzierung

Was ist RNA Seq

RNA Seq (RNA-Sequenzierung) ist eine Technik, die die Sequenz von RNA-Molekülen in einer Probe bestimmt. RNA Seq beinhaltet die Hochdurchsatz-Sequenzierung von cDNA-Molekülen. cDNA wird aus der reversen Transkription der RNA-Moleküle erhalten. Die Sequenzierung der nächsten Generation beinhaltet die Bestimmung der Sequenz der cDNA. RNA Seq ermöglicht die Bestimmung der RNA-Sequenz und ihrer relativen Häufigkeit.

1: RNA-Seq-Prozess

RNA Seq ist eine äußerst zuverlässige Technik mit einem breiten Empfindlichkeitsbereich. Daher kann es seltene und selten vorkommende RNA-Sequenzen nachweisen. Das einzigartige Merkmal von RNA Seq ist die Fähigkeit, neue RNA-Sequenzen und die Splicing-Varianten zu identifizieren.

Was ist Microarray?

Microarray ist eine weit verbreitete Technik zur Analyse der Genexpression eines bestimmten Organismus. Es verwendet definierte Sonden, die mit den RNA-Molekülen in der Probe hybridisiert werden. Die einzelsträngigen Sonden sind an einer festen Oberfläche befestigt, die als Chip bezeichnet wird, mit der die fluoreszenzmarkierte RNA-Probe hybridisiert wird. Genomsequenzierungsdaten können verwendet werden, um Sonden zu entwerfen.

Abbildung 2: Microarray-Prozess

Für ein schnelles und einfaches Experiment ist Microarray die beste Technik in der Genexpressionsanalyse. Die Sonden müssen jedoch so konstruiert sein, dass auch Spleißvarianten erkannt werden.

Ähnlichkeiten zwischen RNA Seq und Microarray

• RNA Seq und Microarray sind zwei Techniken, die in der Genexpressionsanalyse verwendet werden.
• Sie können die Arten von RNA-Molekülen, die in einer Probe vorhanden sind, zu einem definierten Zeitpunkt nachweisen.
• Sie hängen von der RNA-Sequenz ab.
• Beide Techniken können die Primärsequenz und die relative Häufigkeit der RNA in einer Probe bestimmen.
• Die Reproduzierbarkeit beider Techniken ist hoch.

Unterschied zwischen RNA Seq und Microarray

Definition

Die RNA Seq bezieht sich auf eine auf Sequenzierung basierende Technik, die die RNA-Sequenzen in einer Probe nachweist, während sich der Microarray auf eine auf Hybridisierung basierende Technik bezieht, die zum Nachweis der Anwesenheit spezifischer RNA-Sequenzen in einer Probe verwendet wird.

Beyogen auf

RNA Seq ist eine auf Sequenzierung basierende Technik, während Microarray eine Hybridisierungsmethode ist, die mit vorhandenen Sonden durchgeführt wird.

Neue Sequenzen identifizieren

Der RNA Seq kann neue in einer Probe vorhandene RNA-Sequenzen identifizieren, während Microarray nur bekannte Sequenzen identifizieren kann.

Empfindlichkeit

Die Empfindlichkeit von RNA Seq ist hoch, während die Empfindlichkeit von Microarrays vergleichsweise niedrig ist.

Richtigkeit

Die Genauigkeit der RNA Seq-Daten ist hoch, während die Genauigkeit der Microarray-Daten vergleichsweise gering ist.

SNP-Erkennung

RNA Seq kann SNP mit Ausnahme von de-novo-SNPs für RNAs mit geringer Häufigkeit identifizieren, während Microarray SNPs nicht erkennen kann.

Kosten

Der RNA Seq ist teuer ($ 300- $ 1000 / Probe) aufgrund der umfangreichen bioinformatischen Analyse, die das Verfahren erfordert, während Microarray weniger teuer ist ($ 100-200 / Probe)..

Fazit

RNA Seq ist eine auf Sequenzierung basierende Technik, die zur Bestimmung der im Transkriptom vorhandenen RNA-Sequenzen verwendet wird, während Microarray spezifische Sonden verwendet, um das Vorhandensein bestimmter Sequenzen im Transkriptom nachzuweisen. Microarray kann keine neuen RNA-Sequenzen sowie weniger häufig vorkommende RNA-Sequenzen nachweisen. In RNA Seq können jedoch alle RNA-Sequenzen in der Probe identifiziert werden. Daher besteht der Hauptunterschied zwischen RNA Seq und Microarray in der Art des Nachweises.

Referenz:

1. Kukurba, Kimberly R. und Stephen B. Montgomery. "RNA-Sequenzierung und -Analyse". Cold Spring Harbor-Protokolle 2015.11 (2015): 951-969. PMC. Netz. 3. Juli 2018, hier erhältlich
2. Govindarajan, Rajeshwar et al. „Microarray und seine Anwendungen“. Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4. Suppl 2 (2012): S310-S312. PMC. Netz. 3. Juli 2018, hier erhältlich

Bildhöflichkeit:

1. "Zusammenfassung von RNA-Seq" Von Thomas Shafee - Eigene Arbeit (CC BY 4.0) über Commons Wikimedia
2. „Zusammenfassung des RNA-Microarrays“ von Thomas Shafee - Eigene Arbeit (CC BY 4.0) über Commons Wikimedia