Unterschied zwischen AFLP und RFLP

Schlüsseldifferenz - AFLP vs. RFLP

DNA-Studien sind für das Verständnis und die Bestimmung phylogenetischer Beziehungen, die Diagnose genetischer Erkrankungen und die Kartierung von Genomen des Organismus von immenser Bedeutung. Mehrere mit der DNA-Analyse verbundene Techniken werden auch zur Identifizierung eines bestimmten Gens oder einer DNA-Sequenz in einem Pool unbekannter DNA verwendet. Sie sind als molekulare Marker bekannt. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) und Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (RFLP) sind zwei solcher molekularen Marker (Methoden), die in der Molekularbiologie entwickelt wurden, um die genetische Variation zwischen Organismen zu erkennen. Beide Methoden sind gleich wichtig und haben Vor- und Nachteile. Der Hauptunterschied zwischen AFLP und RFLP ist das AFLP beinhaltet eine selektive PCR-Amplifikation der verdauten DNA, während RFLP keine selektive PCR-Amplifikation der DNA-Fragmente beinhaltet.

INHALT
1. Übersicht und Schlüsseldifferenz
2. Was ist AFLP?
3. Was ist RFLP?
4. Side-by-Side-Vergleich - AFLP vs RFLP
5. Zusammenfassung

Was ist AFLP??

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) ist ein wichtiges Werkzeug in der Molekularbiologie und wird häufig in der genetischen Variationsanalyse verwendet. AFLP basiert auf der spezifischen PCR-Amplifikation der fragmentierten genomischen DNA und dem Nachweis des Polymorphismus durch Autoradiographien mittels Gelelektrophorese. AFLP trägt viel dazu bei, genetische Unterschiede in Stämmen oder nahe verwandten Arten verschiedener Königreiche, einschließlich Pflanzen, Tieren, Bakterien und Pilzen, zu identifizieren. AFLP kann mit kleinen Mengen unbekannter DNA-Proben durchgeführt werden. Es sind keine Vorkenntnisse und das Design von Sonden erforderlich.

Schritte von AFLP

Isolierung von DNA
Verdau der DNA mit Restriktionsendonukleasen
Ligation der eingeschränkten DNA-Fragmente mit Adaptern
Selektive Amplifikation der Fragmente mit spezifischen Restriktionsstellen
Trennung der PCR-Produkte durch Gelelektrophorese
Visualisierung der Gelmatrix durch Autoradiographie

AFLP ist eine empfindlichere und reproduzierbarere Methode, die bei der DNA-Profilierung verschiedener Taxa, einschließlich Pilzen, Bakterien, Pflanzen und Tieren, ohne vorherige Kenntnis von DNA-Sequenzen verwendet werden kann. Es hilft, leichte Unterschiede zwischen Individuen in Bevölkerungen aufgrund seiner hochsensiblen Natur zu erkennen. AFLP ist auch wichtig für die Kartierung von Genomen, forensische Studien, Elterntests, Genotypisierung usw.

Abbildung 01: AFLP

Was ist RFLP??

Restriktionsfragmentlängenpolymorphismen (RFLPs) sind eine Technik, mit der die genetischen Variationen in homologen DNA-Sequenzen nachgewiesen werden. Es ist die erste Methode, die für das DNA-Profiling entwickelt wurde. Organismen haben einzigartige DNA-Fingerabdrücke oder DNA-Profile. RFLP dient als wichtiges Instrument zur Analyse der Variation zwischen DNA-Profilen von intraspezifischen oder nahe verwandten Organismen, da homologe Sequenzen unterschiedliche Restriktionsstellen (Positionen) aufweisen, die für einen bestimmten Organismus einzigartig sind. Wenn homologe DNA mit spezifischen Restriktionsendonucleasen gespalten wird, führt dies zu unterschiedlichen DNA-Profilen, die für jedes Individuum einzigartig sind. Daher ist das Prinzip dieses Verfahrens der Nachweis der genetischen Variation zwischen Organismen durch Beschränkung der homologen DNA mit spezifischen Restriktionsenzymen und Analyse des Fragmentlängenpolymorphismus mittels Gelelektrophorese und Blotting. Blotting-Muster sind für jeden Organismus einzigartig und charakterisieren die spezifischen Genotypen.

Schritte von RFLP

Isolierung einer ausreichenden Menge an DNA aus Proben
Fragmentierung der DNA-Proben mit spezifischen Restriktionsendonukleasen in kurze Sequenz
Trennung der resultierenden Fragmente mit unterschiedlichen Längen durch Agarosegelelektrophorese.
Übertragung des Gelprofils in eine Membran durch Southern Blotting
Hybridisierung der Membran mit markierten Sonden und Analyse des Fragmentlängenpolymorphismus in jedem Profil

RFLP ist eine sehr wichtige Technik, um die Vererbung von Krankheiten zu erkennen und das Risiko des Auftretens von Krankheiten bei Familienmitgliedern zu ermitteln. RFLP wird auch häufig beim Genom-Mapping verwendet, um Kriminelle in der Forensik, bei Vaterschaftstests usw. zu identifizieren. RFLP weist ebenfalls einige Einschränkungen auf. RFLP erfordert das Vorwissen über Sequenzdaten, um Sonden für die Hybridisierung zu entwerfen. Es erfordert auch die Isolierung einer ausreichenden DNA-Menge aus der zu analysierenden Probe, was in forensischen Studien schwierig ist.

Abbildung 01: RRFLP-Mapping

Was ist der Unterschied zwischen AFLP und RFLP??

ALFP gegen RFLP
AFLP beinhaltet die selektive PCR-Amplifikation der verdauten DNA.	RFLP beinhaltet keine PCR, es sei denn, es handelt sich um PCR-RFLP.
Sequenzwissen
Vorkenntnisse sind nicht erforderlich.	Zur Entwicklung von RFLP-Sonden sind Vorkenntnisse erforderlich.
Zuverlässigkeit
Das ist zuverlässiger.	Dies ist im Vergleich zu AFLP weniger zuverlässig.
Effizienz beim Erkennen von Polymorphismus
Dies hat eine höhere Effizienz bei der Erkennung des Polymorphismus als bei RFLP.	Dies ist im Vergleich zu AFLP weniger effizient.
Kosten
Dies ist im Vergleich zu RFLP etwas teuer.	Dies ist im Vergleich zu AFLP weniger teuer.
Anwendungen
AFLPs wurden für Genom-Mapping, DNA-Fingerprinting, genetische Diversitätsstudien, Vaterschaftstests und Forensik eingesetzt	Die RFLP-Analyse ist ein wichtiges Instrument bei der Kartierung von Genomen, bei der Lokalisierung von Genen für genetische Störungen, bei der Bestimmung des Krankheitsrisikos und beim Vaterschaftstest.

Zusammenfassung - AFLP vs RFLP

AFLP und RFLP sind zwei Techniken, die als genetische Marker für die Bewertung der Diversität und die Bewertung der genetischen Beziehungen in der Molekularbiologie verwendet werden. AFLP dient als effizientes und empfindliches Verfahren zum Nachweis von genetischem Polymorphismus zwischen Organismen als RFLP. Obwohl beide Verfahren unterschiedliche Methoden zum Nachweis genetischer Variationen aufweisen, werden sie immer noch zum DNA-Fingerprinting und zur Diagnose von Krankheiten verwendet.

Referenz:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, M. Antônia M. Barbosa, O. Isaias Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. und Anete P. De Souza. "Vergleich von RAPD-, RFLP-, AFLP- und SSR-Markern für Diversitätsstudien in Inzuchtlinien von tropischem Mais." Genetik und Molekularbiologie. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19. März 2017
2. "Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (RFLP)". Nationales Zentrum für Biotechnologie Information. US National Library of Medicine, n. D. Netz. 19. März 2017
3. Masiga D. K. und Turner C. M. (2004). "Amplified (Restriktions-) Fragmentlängenpolymorphismus (AFLP) -Analyse". Methods Mol Biol: 270: 173–86. NCBI. Netz. 19. März 2017

Bildhöflichkeit:
1. “ALFP” von Barbarossa in der Wikipedia auf Niederländisch - Übertragung von nl.wikipedia auf Commons. (Public Domain) über Commons Wikimedia
2. "RFLP-Mapping" Von Retama - Eigene Arbeit (GFDL) via Commons Wikimedia

Biologie