Unterschied zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern

Schlüsseldifferenz - PCR Primer vs Sequenzierung Grundierungen
 

Mit den jüngsten Entwicklungen auf dem Gebiet der Molekularbiologie wurden verschiedene genetische Techniken entwickelt, die die Untersuchungsprozesse auf verschiedenen Wegen des Themas einfach und genau machten. PCR und andere Sequenzierungsverfahren sind zwei wichtige derartige Techniken. Sie verwenden unterschiedliche Unterkomponenten. Primer werden als die Hauptunterkomponente angesehen, die sowohl für PCR- als auch für Sequenzierungsverfahren üblich ist. PCR-Primer werden zur Amplifikation einer bestimmten DNA-Sequenz verwendet, während sEquencing-Primer werden im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments verwendet, um dessen spezifische Reihenfolge der Nukleotidsequenz aufzudecken. Dies ist das Hauptunterschied zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern.

INHALT

1. Übersicht und Schlüsseldifferenz
2. Was sind PCR-Primer?
3. Was sind Sequenzierprimer?
4. Ähnlichkeiten zwischen PCR-Primern und Sequenzier-Primern
5. Side-by-Side-Vergleich - PCR-Primer vs. Sequenzierungs-Primer in tabellarischer Form
6. Zusammenfassung

Was sind PCR-Primer??

Polymerase Chain Reaction (PCR) ist eine genetische Technik, die auf dem Gebiet der Molekularbiologie eingesetzt wird, um einzelne oder wenige Kopien eines bestimmten DNA-Segments zu amplifizieren und viele Millionen identischer Kopien zu erhalten. In einer PCR-Reaktion werden verschiedene Komponenten einschließlich Primern verwendet. Primer sind kurze DNA-Stränge mit einer Nukleotidlänge von 18 bis 25, wodurch sie mit dem Start- und dem Endbereich der zu amplifizierenden DNA-Fragmente kompatibel sind. Primer können ein Forward Primer und ein Reverse Primer sein. Diese Primer binden an das DNA-Fragment an den spezifischen Stellen, an denen DNA-Polymerase an den spezifischen Primer gebunden wird, um die Synthese des neuen DNA-Strangs zu initiieren.

Die Auswahl der Primer ist ein wichtiger Aspekt des PCR-Prozesses. Die Auswahl der Primerlänge ist wichtig. Die ideale Länge wäre 18-25 Nukleotide. Wenn die Länge zu kurz oder zu lang ist, binden die Primer nicht an die DNA-Sequenz, um genau amplifiziert zu werden. Zu kurze Primer führen zu unspezifischem Primer-Annealing an verschiedenen Stellen der DNA-Sequenz.

Abbildung 01: PCR-Primer

Der Guanin- und Cytosin- (GC) -Gehalt in einem guten Primer sollte im Bereich von 40 bis 60 liegen. Die Primer-Annealingtemperatur und die Schmelztemperatur sind entscheidende Faktoren während der PCR. Die Schmelztemperatur sollte genau berechnet werden und die Primer-Glühtemperatur sollte 5 sein ⁰C niedriger als die Schmelztemperatur. Die Schmelztemperatur sollte 60 ° C und 75 ° C betragen. Zu hohe oder zu niedrige Temperaturen führen zu weniger aktiver DNA-Polymerase-Aktivität.

Was sind Sequenzierprimer??

Sequenzierungsprimer werden im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments mit der Absicht verwendet, seine spezifische Identität aufzuzeigen. Um gute Sequenzierungsergebnisse zu erzielen, sind Primer und Templates von hoher Qualität wichtig. Wenn Primer ausgewählt werden, sollten sie daher für einen bestimmten Bereich eindeutig sein, in dem wir sequenzieren möchten. Es sollte auch eine korrekte Orientierung aufweisen, wobei die Sequenzen normalerweise von 3 'bis 5'-Enden der Primer erzeugt werden. Der Sequenz sollte keine unerwünschte Selbsthybridisierung wie die Bildung von Haarnadelschleifen fehlen. Es sollte keine aufeinanderfolgende Bildung von Guaninbasen enthalten.

Die Schmelztemperatur (Tm) des Primers muss für die Sequenzierungsbedingungen geeignet sein. Daher sollte es zwischen 52 liegen^OC und 74^OC. Die Herstellung von Oligonukleotiden, die als Primer verwendet werden sollen, sollte gereinigt werden, um die gewünschte volle Länge der Sequenz zu erhalten. Wenn die Oligonukleotide Verunreinigungen enthalten, wird das Primer-Sequenz-Signal von verschiedenen Priming-Stellen überlagert, und es verringert sich auch die Anzahl der Basiszellen.

Abbildung 02: Sequenzierungsprimer

Die Primerschmelztemperatur (Tm) eines Oligonukleotids bestimmt, wie stark die komplementären DNA-Stränge miteinander hybridisieren. Tm kann als eine thermodynamische Berechnung betrachtet werden, bei der es von beiden DNA-Sequenzen und verschiedenen Bedingungen wie der Salzkonzentration abhängig ist. Die Tm ist während der PCR wichtig, wenn eine als Zyklussequenzierung bezeichnete Variante verwendet wird, um eine Gruppe von Didesoxynukleotid-terminierten Fragmenten herzustellen. Hier wird der Primer, der sequenziert wird, zunächst alternativ geglüht, dann verlängert und zur Amplifikation zuletzt denaturiert. Daher sollte der Tm-Wert zwischen 52 liegen^OC und 74^O C. Synthetisierte Oligonukleotide können nach Wahl von DNA / RNA-Syntheselabors erhalten werden. Der für die DNA-Sequenzierung verwendete Synthesemaßstab beträgt üblicherweise 50 nmol. Am wichtigsten ist auch, dass die zur Sequenzierung verwendeten Primer so gereinigt werden sollten, dass sie frei von Verunreinigungen sind, die die Qualitätsminderung verhindern.

Was sind die Ähnlichkeiten zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern?

• Sowohl PCR-Primer als auch Sequenzierungs-Primer sind Primer, die im Amplifikationsprozess einer DNA-Zielsequenz verwendet werden.
• Sowohl PCR-Primer als auch Sequenzierungs-Primer bestehen aus Nukleotiden.
• Sowohl PCR-Primer als auch Sequenzierungsprimer sind kurze Oligomere.

Was ist der Unterschied zwischen PCR-Primern und Sequenzierungsprimern??

PCR-Primer vs. Sequenzierungsprimer
PCR-Primer sind kurze DNA-Stränge mit einer Nukleotidsequenzlänge von 18 bis 25, wodurch sie mit dem Start und dem Endbereich der DNA-Fragmente, die amplifiziert werden sollen, kompatibel sind.	Sequenzierungsprimer sind kurze Oligomere, die im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments verwendet werden, um seine spezifische Identität aufzuzeigen.
Funktion
PCR-Primer werden zur Amplifikation einer bestimmten DNA-Sequenz verwendet.	Sequenzierungsprimer werden im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments mit der Absicht verwendet, seine spezifische Identität aufzuzeigen.
Anzahl der benötigten Grundierungen
Zwei Grundierungen; Als PCR-Primer werden ein Forward-Primer und ein Reverse-Primer verwendet.	Benötigen Sie nur einen Primer als Sequenzierprimer.

Zusammenfassung - PCR Primer vs Sequenzierung Grundierungen

Sequenzierungsprimer werden im Zusammenhang mit der Sequenzierung eines DNA-Fragments mit der Absicht verwendet, seine spezifische Identität aufzuzeigen. Ein Sequenzierprimer reicht aus, um den Prozess auszuführen. Um gute Sequenzierungsergebnisse zu erzielen, sind qualitativ hochwertige Primer und Templates wichtig. Wenn Primer ausgewählt werden, sollten sie daher für einen bestimmten Bereich eindeutig sein, in dem wir sequenzieren möchten. PCR-Primer sind kurze DNA-Stränge mit einer Nukleotidlänge von 18-25, die mit dem Start- und Endbereich der DNA-Fragmente, die amplifiziert werden sollen, kompatibel ist. PCR-Primer können ein Forward-Primer und ein Reverse-Primer sein. Der Guanin- und Cytosin- (GC) -Gehalt in einem guten Primer sollte im Bereich von 40 bis 60 liegen. Die Primer-Annealingtemperatur und die Schmelztemperatur sind wichtige Aspekte während der PCR. Dies ist der Unterschied zwischen PCR-Primern und Sequenzier-Primern.

Referenz:

1. "Polymerase-Kettenreaktion (PCR)". Khan Academy. Hier verfügbar
2. „Primer- und Primer-Design für Sequenzierung“. Primer und Primer-Design für Sequenzierung | DNA-Kerndienste der Universität | Universität von Calgary. Hier verfügbar    

Bildhöflichkeit:

1. 'Primers RevComp'By Zephyris - Eigene Arbeit, (CC BY-SA 3.0) über Commons Wikimedia 
2.'DNA Sequencin 3 Etikettierungsmethoden 'Von Abizar (ursprünglicher Uploader) in der Wikipedia auf Englisch - Transfered by Gustavocarra., (Public Domain) via Commons Wikimedia