Unterschied zwischen Proteomics und Transcriptomics

Das Hauptunterschied zwischen Proteomik und Transkriptomik ist, dass die Proteomik ist die Untersuchung des gesamten Satzes von Proteinen, die von einem bestimmten Organismus produziert werden, während die Transkriptomik den gesamten Satz von mRNA darstellt, der von einem bestimmten Organismus synthetisiert wird.

Proteomik und Transkriptomik sind zwei Bereiche, in denen die Genexpression eines bestimmten Organismus untersucht wird.

Wichtige Bereiche

1. Was ist Proteomik?
     - Definition, Fakten, Anwendungen
2. Was ist Transkriptomik?
     - Definition, Fakten, Anwendungen
3. Was sind die Ähnlichkeiten zwischen Proteomics und Transcriptomics?
     - Überblick über allgemeine Funktionen
4. Was ist der Unterschied zwischen Proteomics und Transcriptomics?
     - Vergleich der wichtigsten Unterschiede

Schlüsselbegriffe

Anwendungen, mRNA, Proteine, Proteomics, Techniken, Transcriptomics

Was ist Proteomik?

Proteomik ist die groß angelegte Studie von Proteomen. Das Proteom bezieht sich auf den gesamten Satz von Proteinen, die von einem bestimmten Organismus oder einer Zelle produziert werden. Daher hat eine bestimmte Art von Organismus oder Zelle ein einzigartiges Proteom. Die Hauptuntersuchungsgebiete der Proteomik sind wie folgt.

• 3D-Strukturvorhersage eines Proteins;
• Erfassung des Ortes und des Zeitpunkts der Proteinsynthese;
• Die Produktionsraten von Proteinen, Abbau und Steady-State-Abundanz;
• Proteinmodifikationen wie posttranslationale Modifikationen;
• Proteintransport zwischen subzellulären Kompartimenten;
• Beteiligung von Proteinen an Stoffwechselwegen;
• Wechselwirkung von Proteinen untereinander.

  Abbildung 1: Beispiele für Proteinstrukturen aus dem PDB

An den Proteomik-Studien sind mehrere Hochdurchsatz-Technologien wie Massenspektroskopie und Differenz in der Gelelektrophorese (DIGE) beteiligt.

Was ist Transkriptomik?

Transkriptomik ist das Studium des Transkriptoms eines bestimmten Organismus oder einer Zelle. Transkriptom bezieht sich auf den gesamten Satz von mRNA im Organismus oder in der Zelle. Es bezieht sich jedoch manchmal auch auf den gesamten RNA-Satz. Das Transkriptom variiert mit den Umweltbedingungen, denen der Organismus oder die Zelle ausgesetzt ist. Daher spiegelt es den Satz von RNA wider, der zu einem definierten Zeitpunkt unter bestimmten Bedingungen exprimiert wird. Transcriptomics beinhaltet die Untersuchung sowohl der Ausdrucksprofilierung als auch der Schichtvariantenanalyse. DNA-Microarrays und RNA Seq sind die zwei wichtigsten Technologien, die in der Transkriptomik verwendet werden.

Abbildung 2: Microarray und RNA Seq

Ähnlichkeiten zwischen Proteomics und Transcriptomics

• Proteomik und Transkriptomik sind zwei Arten von Feldern, die die Genexpression eines bestimmten Organismus oder eines Zelltyps untersuchen.
• Techniken mit hohem Durchsatz werden sowohl in der Proteomik als auch in der Transkriptomik verwendet.

Unterschied zwischen Proteomics und Transcriptomics

Definition

Die Proteomik bezieht sich auf das Studium von Proteomen und ihre Funktionen, während sich die Transkriptomik auf das Studium von Transkriptomen und ihre Funktionen bezieht.

Art der Studie

Proteomics untersucht den gesamten Satz an exprimierten Proteinen, während Transcriptomics den gesamten Satz an mRNA untersucht, der in einem bestimmten Organismus exprimiert wird.

Phänomene

Die Proteomik untersucht die 3D-Struktur und -Funktion von Proteinen und Protein-Protein-Wechselwirkungen, während die Transkriptomik die Sequenzstruktur, Wechselwirkungen mit der Umgebung und Anwendungen von mRNA untersucht.

Techniken

Proteomik beinhaltet Massenspektroskopie und Differenzgelelektrophorese (DIGE), während die Transkriptomik DNA-Mikroarray und RNA Seq als Techniken einschließt.

Wichtige Bereiche

Einige der wichtigsten Bereiche der Proteomik sind Proteom-Datenbankentwicklungen wie SWISS-2DPAGE und Softwareentwicklung für das computergestützte Wirkstoffdesign, während die Transkriptomik zelluläre Differenzierung, Karzinogenese, molekulare Mechanismen und Signalwege einschließt, die die frühe embryonale Entwicklung steuern Biomarker zur Risikobewertung von Medikamenten oder Chemikalien und zur Ableitung der phylogenetischen Beziehungen zwischen Individuen.

Fazit

Proteomik ist die Untersuchung des gesamten Proteinsatzes eines bestimmten Organismus, während die Transkriptomik die Untersuchung des gesamten Satzes von mRNA des Organismus ist. Daher ist der Hauptunterschied zwischen Proteomics und Transcriptomics die Art der Untersuchung.

Referenz:

1. "Was ist Proteomik?" Proteomik: Eine Einführung in die Ressourcen des EMBL-EBI, 8. Juni 2016, hier erhältlich
2. Lowe, Rohan et al. „Transcriptomics Technologies“. PLoS Computational Biology 13.5 (2017): e1005457. PMC. Netz. 10. Juli 2018, hier erhältlich

Bildhöflichkeit:

1. "Proteinstrukturbeispiele" Von Axel Griewel - Eigene Arbeit (CC BY-SA 3.0) über Commons Wikimedia
2. „Microarray- und Sequenzierungsfließzelle“ Von Thomas Shafee - Eigene Arbeit (CC BY 4.0) über Commons Wikimedia